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反滲透技術原理是在高于溶液滲透壓的作用下，依據其他物質不能透過半透膜而將這些物質和水分離開來。在應用的過程中，反滲透膜污染按其成因一般可分為：有機污染、無機污染、微生物污染三大類。
1、有機污染：
水體中的有機成分主要有：腐殖酸、表面活性劑、細菌、油脂、有機膠體或者其他排放出的化學物質等。通常用TOC、BOD、COD等指標對有機物成分進行表示。
反滲透膜技術可以有效的去除有機物，分子量大于200的有機物可以去除99%以上，小于200的分子量、形狀、帶電的不同，其去除率也不同。由有機物造成的反滲透系統故障占全部系統故障的60%-80%，發生有機污染時，系統通常表現為水通量下降，運行壓力升高，如果在膜表面形成濃差極化層，還會造成脫鹽率的下降，嚴重時易造成反滲透膜元件的機械損傷。
2、無機污染：
水體中的無機成分通常指：鉀、鈣、鈉、鎂、鋁、氯、碳酸根、碳酸氫根等陰陽離子、磷酸鈣等復合物及無機膠體等。在壓力作用下，溶劑透過膜，而溶質被截留在膜表面，造成膜表面溶液的濃度逐漸升高，當達到其溶度積時，溶質析出造成結垢。
膜面出現結垢物質時，易造成濃差極化的加劇，從而加快膜污染過程。預處理過程過量投加的無機絮凝劑及金屬離子的水解都會使膜進水中存在無機膠體，進而造成膜污染。
3、微生物污染：
常規的地表水、淺層地下水和中水中都存在著微生物：細菌、真菌、病毒、藻類等。若在進入反滲透之前沒有進行處理，這些微生物將以反滲透膜作為載體，借助進水中的營養物質而快速繁殖生長，進而在膜面形成生物膜層。主要表現為段間壓差迅速上升、產水量快速下降。
反滲透膜的清洗處理是一個細致而又煩雜的工作，為了減輕清洗工作，要搞好預處理，把好水質關。
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